二代测序
环境样品的宏基因组鉴定 微生物基因组测序 病原体检测 人类目标序列重测序 扩增子直接克隆测序（PCR产物） 传染病源快速鉴定 转录组研究 肿瘤基因组和突变
non-coding RNA测序
贝瑞和康用新一代测序方法进行non-coding RNA分析的优势：1）不依赖参考基因组； 2）更加全面的发现新的非编码RNA；3）能够知道链的方向性。
微生物Meta测序
16S rDNA序列（在所用物种中高度保守）是最常用的细菌分类标准，通过提取环境样品的DNA，并扩增其中16S rDNA基因；通过检测16S rDNA 的序列变异和丰度，反映环境样本中细菌的分类和丰度
动植物基因组从头测序
基因组从头测序也叫de novo测序，是指不需要任何参考资料即可对某个物种进行测序，用生物信息学的方法进行拼接组装，从而获得该物种的基因组序列图谱。